Dr. Carl Laflamme

Biographie

Carl Laflamme s'intéresse à la biologie cellulaire des maladies neurodégénératives, avec un accent particulier sur la sclérose latérale amyotrophique (SLA). La plupart des protéines associées aux maladies neurodégénératives font partie du « génome sombre » — des protéines peu étudiées pour lesquelles il n'existe pas d'outils de recherche de grande qualité —, ce qui limite notre compréhension des mécanismes pathologiques ainsi que le développement de nouveaux outils diagnostiques et thérapeutiques. Son laboratoire cherche à éclairer ce « génome sombre » en collaborant avec des partenaires de l'industrie qui développent des réactifs d'affinité de nouvelle génération, tout en évaluant de façon indépendante leur sélectivité et leur performance dans des modèles cellulaires. À titre de chercheur au sein du Structural Genomics Consortium (SGC) et de responsable du site YCharOS de l'Université d'Ottawa, il collabore avec des partenaires universitaires, industriels et à but non lucratif dans un cadre de science ouverte afin d'améliorer la reproductibilité de la recherche biomédicale par le développement, la caractérisation et l'application d'outils de recherche de grande qualité, faisant progresser la compréhension des mécanismes moléculaires à l'origine des maladies neurodégénératives et accélérant la découverte de biomarqueurs diagnostiques et de cibles thérapeutiques. 

Expertise

• Maladies neurodégénératives, avec un accent sur la sclérose latérale amyotrophique (SLA)
• Développement et caractérisation de réactifs d'affinité de grande qualité pour la recherche biomédicale
• Biologie cellulaire et caractérisation fonctionnelle des protéines peu étudiées (« génome sombre »)
• Découverte et caractérisation de biomarqueurs par des approches cellulaires et moléculaires
• Science ouverte, reproductibilité de la recherche et partenariats public-privé en recherche biomédicale

Projets de recherche

Notre programme de recherche porte sur les mécanismes moléculaires à l'origine des maladies neurodégénératives, avec un accent particulier sur la sclérose latérale amyotrophique (SLA), une maladie dévastatrice du motoneurone dont les mécanismes moléculaires demeurent incomplètement compris. Les progrès de la génétique humaine continuent d'identifier des gènes associés aux maladies neurodégénératives; cependant, bon nombre des protéines qu'ils codent font toujours partie du « génome sombre », faute d'outils de recherche de grande qualité. Notre laboratoire développe, caractérise de façon indépendante et applique ces outils afin d'élucider la fonction des protéines, à l'aide de lignées cellulaires modifiées par CRISPR et de modèles neuronaux et gliaux dérivés de cellules souches pluripotentes induites (CSPi). En nous appuyant sur notre récente ressource publiée dans eLife, qui décrit la première caractérisation systématique de réactifs d'affinité ciblant des protéines associées à la SLA, nous étudions un sous-groupe de gènes de la SLA impliqués dans les voies immunitaires et neuro-inflammatoires afin de mieux comprendre leur contribution à la pathogenèse de la maladie.

Dans le cadre du Structural Genomics Consortium (SGC), nous collaborons avec des partenaires universitaires, industriels et à but non lucratif afin d'accélérer le développement d'outils de recherche en science ouverte pour les protéines peu étudiées. Au sein de cet écosystème de science ouverte, notre laboratoire héberge le site YCharOS de l'Université d'Ottawa. YCharOS (Antibody Characterization through Open Science) est une initiative internationale d'intérêt public vouée à la caractérisation indépendante des réactifs d'affinité commercialisés et émergents. Sous la direction de la Dre Riham Ayoubi, directrice scientifique de YCharOS-uOttawa, la plateforme est pleinement intégrée à nos activités de recherche et à la formation de la relève, offrant aux étudiantes, étudiants et membres du personnel une expérience pratique de la caractérisation rigoureuse des réactifs et des pratiques de science ouverte. Grâce à nos collaborations avec des partenaires de l'industrie, nous élargissons également nos travaux au-delà des anticorps conventionnels pour inclure des mini-liants conçus par intelligence artificielle, ce qui permet de développer des réactifs d'affinité de nouvelle génération spécifiques à un épitope.

Notre laboratoire s'engage à améliorer la reproductibilité de la recherche biomédicale par la caractérisation indépendante des réactifs d'affinité, l'élaboration de normes ouvertes et la collaboration avec des initiatives internationales telles qu'Only Good Antibodies (OGA), à l'Université de Leicester. Les données de caractérisation, les protocoles et les ressources connexes sont diffusés librement au moyen de Zenodo et du portail YCharOS sur F1000Research, ce qui permet aux équipes de recherche du monde entier de repérer des réactifs d'affinité adaptés à leurs besoins grâce à des jeux de données en libre accès et à des études de caractérisation évaluées par les pairs. Ensemble, ces efforts font progresser la compréhension des mécanismes pathologiques, soutiennent la découverte de biomarqueurs diagnostiques et de cibles thérapeutiques, et améliorent la reproductibilité de la recherche biomédicale.

Prix et distinctions

• 2025 — Prix international 3Rs du NC3Rs (corécipiendaire) pour l'avancement du remplacement des anticorps d'origine animale par des réactifs d'affinité recombinants
• 2025 — Prix CiteAb pour une contribution individuelle marquante, soulignant l'apport à l'amélioration de la qualité et de la reproductibilité de la recherche biomédicale
• 2025 — Prix CiteAb de la ressource éducative de l'année (YCharOS), reconnaissant YCharOS comme une ressource exceptionnelle de science ouverte pour les sciences de la vie
• 2023 — Prix de reconnaissance AIMOS pour la science ouverte, soulignant une contribution internationale à une science ouverte et reproductible
• 2021 — Prix international de science ouverte du Neuro et de la Irv and Helga Cooper Foundation (corécipiendaire), appuyant le leadership international en matière d'initiatives de science ouverte

Médias

• 2026 — Cité dans un article de Nature portant sur la crise de responsabilité liée aux anticorps
• 2025 — Cité dans quatre blogues publiés par des partenaires industriels de YCharOS (Cell Signaling Technology, Abcam) mettant en lumière l'initiative et son rôle de leadership
• 2024 — Un reportage de Nature signé Diana Kwon explore les efforts visant à résoudre les problèmes de fiabilité des anticorps. YCharOS y est présentée comme une initiative clé, avec ses réalisations à ce jour (dont nos études dans eLife) et ses objectifs futurs
• 2024 — Un article dans The Transmitter portant sur le rôle de YCharOS en neurosciences 

Publications

Publications et prépublications évaluées par les pairs (sélection)

• Ayoubi, R., MacDougall, E. J., McDowell, I., Dorion, M. F., Ross, J. P., González Bolívar, S., Ruiz Moleón, V., Alende, C., Fotouhi, M., Chaineau, M., Chen, C., Piscopo, P., Soubannier, V., Maussion, G., Rocha, C., Keates, T., Marsden, B. D., Koukouflis, L., Lee, W., Wigren, E., Marks, C., Healy, L. M., Dion, P. A., Rouleau, G. A., Fon, E. A., Gräslund, S., Gileadi, O., Edwards, A. M., Durcan, T. M., McPherson, P. S., Laflamme, C. (2026). Cell type specific analysis of ALS associated proteins reveals immune-regulated targets. eLife. https://doi.org/10.7554/eLife.111349.1  
• Ayoubi, R., Ryan, J., Gonzalez Bolivar, S., Alende, C., Ruiz Moleon, V., Fotouhi, M., Alqazzaz, M., Southern, K., Alshafie, W., Baker, M. R., Ball, A. R., Jr., Callahan, D., Cooper, J. A., Crosby, K., Harvey, K. J., Houston, D. W., Kumaran, R., Rego, M., Schofield, C., … Laflamme, C. (2024). A consensus platform for antibody characterization. Nature Protocols. https://doi.org/10.1038/s41596-024-01095-8 
• Kahn, R. A., Virk, H., Laflamme, C., Houston, D. W., Polinski, N. K., Meijers, R., Levey, A. I., Saper, C. B., Errington, T. M., Turn, R. E., Bandrowski, A., Trimmer, J. S., Rego, M., Freedman, L. P., Ferrara, F., Bradbury, A. R. M., Cable, H., & Longworth, S. (2024). Antibody characterization is critical to enhance reproducibility in biomedical research. eLife, 13. https://doi.org/10.7554/eLife.100211 
• Biddle, M., Stylianou, P., Rekas, M., Wright, A., Sousa, J., Ruddy, D., Stefana, M. I., Kmiecik, K., Bandrowski, A., Kahn, R. A., Laflamme, C., Krockow, E. M., & Virk, H. S. (2024). Improving the integrity and reproducibility of research that uses antibodies: a technical, data sharing, behavioral and policy challenge. MAbs, 16(1), 2323706. https://doi.org/10.1080/19420862.2024.2323706 
• Doolen, S., Ayoubi, R., Laflamme, C., Betarbet, R., Zoeller, E., Williams, S. G., Fu, H., Levey, A. I., & Sukoff Rizzo, S. J. (2023). Validation and in vivo characterization of research antibodies for Moesin, CD44, Midkine, and sFRP-1. F1000Research, 12, 1070. https://doi.org/10.12688/f1000research.138354.2 
• Ayoubi, R., Ryan, J., Biddle, M. S., Alshafie, W., Fotouhi, M., Bolivar, S. G., Ruiz Moleon, V., Eckmann, P., Worrall, D., McDowell, I., Southern, K., Reintsch, W., Durcan, T. M., Brown, C., Bandrowski, A., Virk, H., Edwards, A. M., McPherson, P., & Laflamme, C. (2023). Scaling of an antibody validation procedure enables quantification of antibody performance in major research applications. eLife, 12. https://doi.org/10.7554/eLife.91645 
• Laflamme, C., Edwards, A. M., Bandrowski, A. E., & McPherson, P. S. (2021). Opinion: Independent third-party entities as a model for validation of commercial antibodies. New Biotechnology, 65, 1-8. https://doi.org/10.1016/j.nbt.2021.07.001 
• Laflamme, C., McKeever, P. M., Kumar, R., Schwartz, J., Kolahdouzan, M., Chen, C. X., You, Z., Benaliouad, F., Gileadi, O., McBride, H. M., Durcan, T. M., Edwards, A. M., Healy, L. M., Robertson, J., & McPherson, P. S. (2019). Implementation of an antibody characterization procedure and application to the major ALS/FTD disease gene C9ORF72. eLife, 8. https://doi.org/10.7554/eLife.48363 
• Laflamme, C., Galan, J. A., Ben El Kadhi, K., Meant, A., Zeledon, C., Carreno, S., Roux, P. P., & Emery, G. (2017). Proteomics screen identifies class I Rab11 family interacting proteins as key regulators of cytokinesis. Molecular and Cellular Biology, 37(3). https://doi.org/10.1128/MCB.00278-16
• Laflamme, C., & Emery, G. (2015). In vitro and in vivo characterization of the Rab11-GAP activity of Drosophila Evi5. Methods in Molecular Biology, 1298, 187-194. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-2569-8_16 
• Ramel, D., Wang, X., Laflamme, C., Montell, D. J., & Emery, G. (2013). Rab11 regulates cell-cell communication during collective cell movements. Nature Cell Biology, 15(3), 317-324. https://doi.org/10.1038/ncb2681 
• Laflamme, C., Assaker, G., Ramel, D., Dorn, J. F., She, D., Maddox, P. S., & Emery, G. (2012). Evi5 promotes collective cell migration through its Rab-GAP activity. Journal of Cell Biology, 198(1), 57-67. https://doi.org/10.1083/jcb.201112114 
• Annabi, B., Doumit, J., Plouffe, K., Laflamme, C., Lord-Dufour, S., & Beliveau, R. (2010). Members of the low-density lipoprotein receptor-related proteins provide a differential molecular signature between parental and CD133+ DAOY medulloblastoma cells. Molecular Carcinogenesis, 49(7), 710-717. https://doi.org/10.1002/mc.20645 
• Annabi, B.*, Laflamme, C.*, Sina, A., Lachambre, M. P., & Beliveau, R. (2009). A MT1-MMP/NF-kappaB signaling axis as a checkpoint controller of COX-2 expression in CD133+ U87 glioblastoma cells. Journal of Neuroinflammation, 6, 8. https://doi.org/10.1186/1742-2094-6-8

Dépôts en libre accès

• 182 rapports de caractérisation d'anticorps YCharOS diffusés librement sur Zenodo, Carl Laflamme étant l'auteur-ressource de chacun d'eux
• Une collection de 53 articles de caractérisation d'anticorps publiés sur la plateforme F1000Research, dont 41 sont évalués par les pairs et indexés dans PubMed

Ressources connexes

• Structural Genomics Consortium (SGC)
• Only Good Antibodies (OGA)
• YCharOS Gateway – F1000Research 
• YCharOS Community – Zenodo