Dre Kristin Baetz

Biographie

Faits saillants

Génomique fonctionnelle et chimique de la levure bourgeonnante, stabilité des chromosomes, lysine acétyltransférase, facteurs de transcription, fermentation cellulosique, identification des modes d'action des médicaments, protéomiques

Intérêts de recherche

Au cours de l'évolution des eucaryotes, les processus cellulaires fondamentaux furent méticuleusement, et ce indépendamment de la complexité de l’organisme, conservés. Conséquemment, la levure bourgeonnante S. cerevisiae, un organisme eucaryote unicellulaire présentant une panoplie d’avantage en tant que système modèle, permet l’étude des processus cellulaires fondamentaux et ce relativement aisément. Le laboratoire Baetz optimise et applique des approches de criblage génomique, chimique et fonctionnel à haut débit a la levure bourgeonnante ainsi que les outils de la protéomique dans les trois domaines de recherche suivants:

• Étude des bases génétiques et moléculaires de l'instabilité chromosomique

Financé par : Société canadienne du cancer, Bourse de nouveau chercheur de la province de l’Ontario, Programme de subvention à la découverte du CRSNG.

Le gain ou la perte de chromosomes est observé dans la presque totalité des cancers. Le laboratoire de la professeure Baetz développe et applique des criblages génomiques, chimiques et fonctionnels de levure afin d'identifier les réseaux protéiques nécessaires à la stabilité des chromosomes chez S. cerevisiae. Une fois les protéines identifiées, elle et son équipe de recherche utilisent des méthodes traditionnelles issues de la biochimie et de la biologie moléculaire afin de révéler les mécanismes moléculaires utilisés par ces protéines pour prévenir la perte de chromosomes. Compte tenu de la conservation des mécanismes moléculaires régissant la ségrégation chromosomique entre la levure et l’humain, les recherches du laboratoire Baetz contribueront directement à la compréhension des processus contribuant à la biologie du cancer humain et fourniront de nouvelles perspectives sur le mécanisme moléculaire de l'instabilité chromosomique.

Actuellement, le laboratoire se concentre sur le rôle de la lysine acétyltransférase NuA4 dans le maintien de la stabilité chromosomique et le développement de nouvelles méthodes afin d’identifier ses cibles. Le groupe de la professeure Baetz tente également de déchiffrer le rôle du facteur de transcription sensible au fer Aft1et le mécanisme par lequel il influence sur la fidélité de la transmission chromosomique.

• Déchiffrer l’impact biologique des seconds messagers de l’alkylacylglycérophosphocholine dans la maladie d’Alzheimer par des approches génomiques et chimiques.

Financé par : subvention de fonctionnement et programme de formation des IRSC

Le laboratoire Baetz exploite la conservation inter-espèce entre la levure et les cellules humaines afin de mieux comprendre le mode d'action de divers composés chimiques. Plus spécifiquement, le laboratoire exploite une panoplie d’approche afin d’élucider les voies de signalisation de médiateurs chimiques tels que l’alkylacylglycérophosphocholine ; une molécule récemment associée à la progression de la maladie d’Alzheimer.

• Amélioration des souches de levures industrielles utilisées en fermentation cellulosique

Financé par : Réseau de biocombustibles cellulosiques, Programme d'innovation en matière de bioproduits agricoles

Un obstacle majeur à la viabilité économique de l'industrie des biocarburants cellulosiques est l'amélioration des souches de levures industrielles à fermenter les sucres à 5 carbones, dont la xylose, une molécule représentant jusqu'à 50 % des sucres dans les matières premières cellulosiques. Un deuxième obstacle est le développement de souches robustes qui peuvent tolérer les mélanges inhibiteurs complexes présents dans les biomasses cellulosiques. Le laboratoire Baetz utilise une approche de biologie des systèmes intégratives afin de résoudre ces deux problèmes. Ce projet a pour but de développer de nouvelles stratégies génétiques afin d’améliorer l'efficacité des levures industrielles dans la fermentation d’une variété de biomasses cellulosiques.

Vous êtes intéressés à vous joindre au laboratoire Baetz en tant qu’étudiant gradué ou stagiaire postdoctoral ? Envoyé votre CV à[email protected]

Publications sélectionnées

• Hamza, A., Baetz, K. The iron-responsive transcription factor Aft1 interacts with the kinetochore protein Iml3 and promotes pericentromeric cohesin. J. Biol. Chem. December 2011; jbc.M111.319319.
• Mitchell, L., Lau, A., Lambert, J.P., Fong, Y., Couture, J.F., Figeys, D., Baetz, K. Regulation of septin dynamics by the Saccharomyces cerevisiae lysine acetyltransferase NuA4. PLoS One. 2011;6(10):e25336.
• Usher, J., Balderas-Hernandez, V., Quon, P., Gold, N.D., Martin, V.J.J., Mahadevan, R., Baetz, K. Chemical and synthetic genetic array analysis identifies genes that suppress xylose utilization and fermentation in Saccharomyces cerevisiae. G3:Genes|Genomes|Genetics. September 2011; 1:247-258; doi:10.1534/g3.111.000695.
• Batenchuk, C., St-Pierre, S., Tepliakova, L., Adiga, S., Szuto, A., Kabbani, N., Bell, JC., Baetz, K., Kaern, M. Chromosomal position effects arise from Sir2-mediated variation in transcriptional bursting. Biophysical Journal. May 18 2011;100(10):L56-8.
• Kennedy, M.A., Kabbani, N., Lambert, J-P., Swayne, L.A., Ahmeda, F., Figeys,D., Bennett, S.A.L.,Bryan, J., Baetz, K. Srf1 is a novel regulator of Phospholipase D activity and is essential to buffer the toxic effects of C16:0 Platelet Activating Factor. PLoS Genetics. Feb 10 2011;7(2):e1001299.
• Lambert, J.P., Fillingham, J., Siahbazi, M., Geenblatt, J. Baetz, K., Figeys, D. Defining the Budding Yeast Chromatin Associated Interactome. Molecular Systems Biology. Dec 21, 2010;6:448.
• Berthelet, S., Usher, J., Shulist, K., Hazma, A., Maltez, N., Johnston, A., Fong, Y., Harris, L., Baetz K. Functional genomics analysis of the Saccharomyces cerevisiae iron responsive transcription factor Aft1 reveals iron-independent functions. Genetics. 2010; May 20 ePub ahead of print.
• Lambert, JP., Baetz, K†., Figeys, D.†  Of Proteins and DNA; Proteomic Role in the Field of Chromatin Research. Molecular BioSystems.  2010; 6(1):30-7. † co-corresponding authors.
• Lambert, JP., Mitchell,L., Rudner,A., Baetz, K.†, Figeys, D.† A novel proteomic approach for the development of chromatin associated protein networks. Molecular and Cellular Proteomics. 2009; 8(4):870-82. † co-corresponding authors.
• Mitchell, L., Lambert, J.P, Gerdes M, Al-Madhoun AS, Skerjanc IS, Figeys D, Baetz K.  Functional dissection of the NuA4 histone acetyltransferase reveals its role as a genetic hub and that Eaf1 is essential for complex integrity. Molecular and Cellular Biology. 2008;28(7):2244-2256.
• Baetz K, Kaern M. Predictable trends in protein noise. Nature Genetics. 2006; 38(6):610-611.
• Baetz K, Measday V, Andrews B. Revealing hidden relationships among yeast genes involved in chromosome segregation using systematic synthetic lethal and synthetic dosage lethal screens. Cell Cycle. 2006;5(6):592-5.
• Martin DG, Grimes DE, Baetz K, Howe L. Methylation of histone H3 mediates the association of the NuA3 histone acetyltransferase with chromatin. Molecular and Cellular Biology. 2006;26(8):3018-28.
• Keogh MC, Mennella TA, Sawa C, Berthelet S, Krogan NJ, Wolek A, Podolny V, Carpenter LR, Greenblatt JF, Baetz K, Buratowski S. The Saccharomyces cerevisiae histone H2A variant Htz1 is acetylated by NuA4. Genes and Development. 2006;20(6):660-5.
• Measday V+, Baetz K+, Guzzo J, Yuen K, Kwok T, Sheikh B, Ding H, Ueta R, Hoac T, Cheng B, Pot I, Tong A, Yamaguchi-Iwai Y, Boone C, Hieter P, Andrews B. Systematic yeast synthetic lethal and synthetic dosage lethal screens identify genes required for chromosome segregation. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005;102(39):13956-61. +Authors contributed equally
• Krogan NJ+, Baetz K+, Keogh MC+, Datta N, Sawa C, Kwok TC, Thompson NJ, Davey MG, Pootoolal J, Hughes TR, Emili A, Buratowski S, Hieter P, Greenblatt JF. Regulation of chromosome stability by the histone H2A variant Htz1, the Swr1 chromatin remodeling complex, and the histone acetyltransferase NuA4. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004;101(37):13513-8. +Authors contributed equally
• Baetz K, McHardy L, Gable K, Tarling T, Reberioux D, Bryan J, Andersen RJ, Dunn T, Hieter P, Roberge M. Yeast genome-wide drug-induced haploinsufficiency screen to determine drug mode of action. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004;101(13):4525-30.
• Baetz K, Krogan NJ, Emili A, Greenblatt J, Hieter P. The ctf13-30/CTF13 genomic haploinsufficiency modifier screen identifies the yeast chromatin remodeling complex RSC, which is required for the establishment of sister chromatid cohesion. Molecular and Cellular Biology. 2004;24(3):1232-44.