Le programme des Réseaux de centres d'excellence (RCE) encourage les partenariats fructueux entre les universités, le gouvernement et l'industrie. L' Université d'Ottawa est membre de nombreux réseaux de centres d'excellence parmi lesquels :
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AllerGen
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Centre of Excellence in Mining Innovation (en anglais seulement)
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Institut canadien pour les innovations en photonique (ICIP)
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Mathématiques des technologies de l'information et des systèmes complexes